Indikátormi, ktoré sú pripravované ako štandardné výstupy, sú incidencia, prevalencia a úmrtnosť v členení podľa štatistického kódu ochorenia (MKCH-10), pohlavia a vekových skupín na úrovni Slovenskej republiky. Zoznam indikátorov v štandardných výstupoch sa podľa jednotlivých registrov môže nepatrne líšiť. Štandardné výstupy sú zverejnené v publikáciách a príslušných prezentáciách na internetovej stránke NCZI. Prístup k štandardným agregovaným (sumárnym) výstupom má ktorákoľvek osoba. V prípade použitia týchto údajov v publikácii alebo prednáške je potrebné citovať zdroj údajov a dodržať tak príslušné ustanovenia zákona č. 618/2003 Z. z. (autorský zákon).
Ak zdravotnícky či výskumný pracovník z akéhokoľvek dôvodu nadobudne presvedčenie, že údaje pripravované pracovníkmi NCZI, zodpovednými za koordináciu činnosti NZR, a publikované ako štandardné výstupy, nepostačujú pre jeho potreby (napr. pre účely riešenia výskumného projektu, prednášky, publikácie a pod.), môže požiadať NCZI o prípravu sady neštandardných výstupov z NZR. Takto pripravené sady neštandardných výstupov majú charakter diela (§7 zákona č. 618/2003 Z. z.). Autorské práva k dielu má NCZI – to určí cenu podľa platného cenníka.
V prípade spracovania časovo náročného alebo rozsahom veľkého množstva údajov z NZR, je potrebné, aby záujemca o údaje predložil návrh projektu.
Podobne, ak záujemca požaduje údaje na účely riešenia výskumného projektu, je potrebné zaangažovať do projektu NCZI ako spoluriešiteľskú organizáciu. Preto treba myslieť na zdroje údajov už v štádiu prípravy projektu a predkladania žiadosti na grantovú agentúru či ministerstvo.
Zjednodušená schéma prístupu k údajom z NZR a úroveň ochrany dát
(Oblasť I. patrí do kompetencie zdravotníckych pracovníkov poskytujúcich zdravotnú starostlivosť, oblasti II. až IV. patria do kompetencie NCZI ako správcu NZR, oblasti V. až VII. sú v kompetencii odbornej zdravotníckej verejnosti.)