Zo znenia zákona č. 576/2004 Z.z. a zákona č. 428/2002 Z.z. vyplýva, že zdravotnícki pracovníci, vrátane pracovníkov úradov verejného zdravotníctva, môžu mať prístup len k tým údajom zo zdravotnej dokumentácie, ktoré bezprostredne súvisia s nimi poskytovanou zdravotnou starostlivosťou konkrétnemu pacientovi, alebo v súvislosti s klinickým výskumom realizovaným v súlade so zákonom.
Využívať údaje z národných zdravotných registrov je teda možné až od úrovne spracovaných indikátorov zdravotného stavu a zdravotnej starostlivosti (viď schému).
Východiskovými údajmi prístupnými pre využívanie zdravotníckymi pracovníkmi nikdy nie sú individuálne údaje o zdravotnom stave jednotlivcov uchovávané v národných zdravotných registroch. Môžu nimi byť len indikátory zdravotného stavu a zdravotnej starostlivosti. Spätné využívanie individuálnych údajov o pacientoch z národných zdravotných registrov v liečebno-preventívnej starostlivosti nie je možné.
Indikátormi, ktoré sú pripravované ako štandardné výstupy, sú incidencia, prevalencia a úmrtnosť v členení podľa štatistického kódu ochorenia (MKCH-10), pohlavia a vekových skupín na úrovni Slovenskej republiky. Zoznam indikátorov v štandardných výstupoch sa u jednotlivých registrov môže nepatrne líšiť. Štandardné výstupy sú zverejnené v publikáciách a na internetovej stránke NCZI. Prístup k štandardným výstupom má ktorákoľvek osoba. V prípade použitia týchto údajov v publikácii alebo prednáške je potrebné citovať zdroj údajov a dodržať tak príslušné ustanovenia zákona č. 618/2003 Z.z. (autorský zákon).
Ak zdravotnícky či výskumný pracovník z akéhokoľvek dôvodu nadobudne presvedčenie, že údaje pripravované pracovníkmi Odboru NZR NCZI a publikované ako štandardné výstupy, nepostačujú pre jeho potreby (napr. pre účely riešenia výskumného projektu, prednášky, publikácie a pod.), má právo požiadať NCZI o prípravu sady neštandardných výstupov z NZR. V nich sú indikátory pripravované pracovníkmi NZR podľa individuálnej požiadavky záujemcu. Pri takejto požiadavke sú, podľa stanoviska Úradu na ochranu osobných údajov, pracovníci Odboru NZR povinní skúmať účel na ktorý budú údaje použité.
Prístup k zdrojovým údajom NZR pre záujemcov sprostredkujú pracovníci Odboru NZR (pri súčasnom dodržaní dikcie zákonov č. 428/2002 a č. 576/2004 Z.z.) tým, že pripravia sadu neštandardných výstupov.
Takto pripravené údaje majú charakter diela (§7 zákona č. 618/2003 Z.z.). Majetkové práva k dielu má NCZI – to určí cenu podľa platného cenníka. Tvorcom diela prináležia osobnostné práva (§17 zákona č. 618/2003 Z.z.) – napr. spoluautorstvo na publikácii alebo prednáške a pod.
V prípade spracovania časovo náročného alebo rozsahom veľkého množstva údajov z NZR, je potrebné, aby záujemca o údaje predložil návrh projektu.
Podobne, ak záujemca požaduje údaje z NZR na účely riešenia výskumného projektu, je potrebné zaangažovať do projektu NCZI ako spoluriešiteľskú organizáciu a pracovníkov, ktorí budú údaje z NZR pripravovať, ako spoluriešiteľov projektu.
Preto treba myslieť na zdroje údajov už v štádiu prípravy projektu a predkladania žiadosti na grantovú agentúru či ministerstvo.
Zjednodušená schéma prístupu k údajom z NZR a úroveň ochrany dát
(Oblasť I. patrí do kompetencie zdravotníckych pracovníkov poskytujúcich zdravotnú starostlivosť, oblasti II. až IV. patria do kompetencie NCZI ako správcu NZR, oblasti V. až VII. sú v kompetencii odbornej zdravotníckej verejnosti.)