Na úlohách vyplývajúcich z členstva Slovenskej republiky v EÚ, ktoré priamo súvisia s kapitolou 12 Štatistika, Národné centrum zdravotníckych informácií (NCZI) úzko spolupracuje so Štatistickým úradom Slovenskej republiky (ŠÚ SR).
NCZI každoročne poskytuje nefinančné údaje o zdravotnej starostlivosti v rámci spoločného zberu údajov OECD/WHO/EUROSTAT podľa dohodnutej metodiky a tiež niektoré údaje zvlášť pre EUROSTAT. Obe požiadavky sa spracúvajú a zasielajú súčasne, týkajú sa údajov o zdravotníckych pracovníkoch, o technickom vybavení a využívaní zdrojov v oblasti zdravotnej starostlivosti. V rámci svojej činnosti NCZI zohľadnilo požiadavky EÚ v oblasti harmonizácie štatistiky chorôb z povolania. Pripravilo novú štruktúru hlásenia choroby z povolania podľa spoločnej metodiky Európskej štatistiky chorôb z povolania (EODS). Na základe tejto metodiky NCZI pre EUROSTAT každoročne spracuje databázu chorôb z povolania. Údaje sa poskytujú prostredníctvom ŠÚ SR.
Významným krokom v procese harmonizácie údajov v oblasti verejného zdravia a bezpečnosti a ochrane zdravia pri práci je tesná spolupráca NCZI a ŠÚ SR pri tvorbe metodiky európskych štatistík pripomienkovaním metodických dokumentov a návrhmi pre zjednotenie sledovaných indikátorov zdravia.
NCZI sa v rokoch 2007–2008 zúčastnilo spolu so ŠÚ SR na projekte Morbidity statistics (Štatistika chorobnosti), ktorého cieľom bolo preskúmať národné zdroje údajov štatistiky chorobnosti podľa preddefinovaného zoznamu diagnóz a podľa neho zrealizovať pilotný zber údajov. Na základe metodiky projektu NCZI čiastočne upravilo vstupy vo svojich štatistických zisťovaniach a zaviedlo pre spravodajské jednotky päťročné vekové skupiny sledovaných osôb podľa vybraných diagnóz.
Aktivity v súvislosti so zlepšovaním kvality štatistiky príčin smrti v SR spolu s implementáciou nariadení EÚ sa začali už v roku 2006. Do grantového projektu ŠÚ SR sa spolu s odborom štatistiky obyvateľstva ŠÚ SR zapojilo NCZI a MZ SR, riešili problematiku skvalitnenia údajov o príčinách smrti uvádzaných v Liste o prehliadke mŕtveho a štatistickom hlásení o úmrtí. Výsledkom spolupráce predmetných inštitúcií sú preložené kľúčové dokumenty EUROSTAT-u a WHO (Príručka certifikácie príčin úmrtí v Európe a Informačný leták), školenia ohliadajúcich lekárov, školenia pracovníkov ŠÚ SR, ktorí digitalizujú záznamy o príčinách smrti, príprava elektronického formulára a ad hoc konzultácie expertov.
Od roku 2008 prebieha proces zosúladenia definície mŕtvonarodeného dieťaťa, pretože definícia aplikovaná v Slovenskej republike nespĺňa požiadavky definície WHO ani Nariadenia Komisie (EÚ) č. 328/2011. Proces riadi Ministerstvo zdravotníctva SR, avšak doteraz nedošlo medzi zdravotníckymi expertmi SR ku konsenzu v tejto otázke.
V roku 2010, v súlade s požiadavkami Nariadenia Komisie (EÚ) č. 328/2011, sa pristúpilo ku štvormiestnemu kódovaniu príčin smrti. ÚDZS inštruoval prehliadajúcich lekárov, NCZI poskytlo elektronickú verziu štvormiestneho číselníka MKCH-10 a ŠÚ SR zabezpečil programové a technologické prostredie pre tieto dátové záznamy.