Národné zdravotné registre sú definované v § 44 ods. 3 zákona č. 576/2004 Z. z. o zdravotnej starostlivosti v znení zákona č. 662/2007 Z. z. ako zdravotnícke informačné systémy, ktoré obsahujú zoznam fyzických osôb a s nimi spojených údajov vybraných podľa špeciálnych medicínskych kritérií.
Zoznam osobných údajov, ktoré sú v registroch spracovávané, ako aj účel ich spracovávania a okruhu dotknutých osôb je uvedený prílohe č. 2 k zákonu. Prevádzkovateľom registrov je podľa § 45 ods. 2 zákona Národné centrum zdravotníckych informácií (NCZI).
NCZI môže na základe § 5 zákona č. 428/2002 Z. z. o ochrane osobných údajov v platnom znení poveriť vybraného sprostredkovateľa zberom a spracovaním údajov pre národné zdravotné registre v rozsahu a za podmienok dojednaných v písomnej zmluve.
Poskytovatelia zdravotnej starostlivosti majú povinnosť poskytovať údaje do registrov na základe § 44 ods. 10 zákona č. 576/2004 Z. z. v znení zákona č. 662/2007 Z. z. v štruktúre a formáte, ktoré určuje Vyhláška MZ SR o štandardoch pre informačné systémy v pôsobnosti Ministerstva zdravotníctva a Národného centra zdravotníckych informácií.